故事以武藤游戏所在年代的数十年后的童实野市为舞台，这时的童实野市已经是一个根据身份的高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，被称为“新童实野市”。决斗的发展流行用“D轮（D Wheel）”之称的摩托车型决斗装置来进行“骑乘决斗（Riding Duel）”。 主人公不动游星是在新童实野市的下层地带“卫星（Satellite）”中与同伴们一起生活着。因为被劲敌这时的骑乘决斗的王者——杰克·阿特拉斯，偷走了自己最重要的卡“星尘龙（Stardust Dragon）”，游星为了把最重要的星尘龙夺回，逃出了卫星区。

　　在一次对治某村庄食尸鬼的超自然事件时，平凡女警女警西洛斯·维多利亚遭到袭击，奄奄一息，关键时刻吸血鬼杀手阿尔卡特出现，铲除食尸鬼，并将西洛斯变成了吸血鬼的一员，她顺理成章也接触到了阿尔卡特背后的神秘组织，即为维护英国基督新教、与反基督怪物作战的皇家国教骑士团（Hellsing），在现任当家伊塔古拉·方布鲁克·维英格茨·赫尔辛的率领下，他们接手一桩桩危险且阴谋重重的任务。在这一过程中，与食尸鬼有关的事件层出不穷，死后背后有另一个神秘组织正在策划惊天阴谋。梵蒂冈特务局第十三课Iscariot机关局长安利哥

　　故事发生在名为“昊陵学园”的武术训练学校之中。拥有悲惨过去的九重透流（松冈祯丞 配音）带着满心的愤怒和抱负来到此处就读，希望能够在这里磨练技艺，变得强大替死去的妹妹报仇。 　　校园中推行了一项名为“绊双刃”的特殊制度，学生们必须两两结成绊双刃，同吃同住，以加深彼此的羁绊。羁绊越深，两人得到的力量就越强大。在校园里，九重透流邂逅了名为朱莉（山本希望 配音）的北欧女孩，两人结下了羁绊，就此开始了同居生活。除此之外，傲娇任性的莉莉丝（山崎遥 配音）、迟钝耿直的橘巴（诹访彩花 配音）、身体孱弱的穗高雅（今村