女子高中生音无小夜（喜多村英梨 配音）有一个幸福的家庭和一群善良的朋友，虽然丧失了一年之前的全部记忆，但这并不妨害她享受眼前的快乐时光。在这个世界中，出现了一种名叫“翼手”的怪物，它们拥有永恒的生命，以鲜血为食，现在，这些怪物的存在逐渐威胁到了人类的安全。表面上来看，小 夜和这些可怕的怪物似乎一辈子都不会有所交集，但在2005年的这一天，当那个漆黑的不详男子出现在小夜的面前时，一切都改变了。男子名叫哈吉（小西克辛 配音），他的到来不仅改变了小夜的命运，也唤起了小夜丢失已久的回忆。 　　为了保护世界和

故事以武藤游戏所在年代的数十年后的童实野市为舞台，这时的童实野市已经是一个根据身份的高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，被称为“新童实野市”。决斗的发展流行用“D轮（D Wheel）”之称的摩托车型决斗装置来进行“骑乘决斗（Riding Duel）”。 主人公不动游星是在新童实野市的下层地带“卫星（Satellite）”中与同伴们一起生活着。因为被劲敌这时的骑乘决斗的王者——杰克·阿特拉斯，偷走了自己最重要的卡“星尘龙（Stardust Dragon）”，游星为了把最重要的星尘龙夺回，逃出了卫星区。

　　1614年，德川家康73岁，年迈的他为了第三代将军继承人人选的问题而烦恼。难以决断的德川家康将决定的权利交给当时势均力敌的两大忍术宗家，它们分别是甲贺流和伊贺流。在前人服部半藏的调解下，曾经水火不容的两家签下了“不战条约”，但在权利和政治的挑拨之下，条约被撕毁了 。 　　两家各派出十名忍者，他们要相互残杀直至仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象即可成为下一代将军。其中，甲贺流的头领甲贺玄之介（鸟海浩辅 配音）与伊贺流的头领胧（水树奈奈 配音）在战前曾经是两情相悦的恋人，与此同时，甲贺流与伊贺流的一些成