在一片宁静的小山村，少女渡濑明日菜（金元寿子 配音）时常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中，明日菜遭到一头怪兽的袭击，关键时刻她被俊美少年瞬（入野自由 配音）救下，纯洁的友谊在少男少女之间开始萌芽。明日菜体味着友谊的甜蜜，却不知瞬在某天悄然离开人世。新来的男老师森崎龙司（井上和彦 配音）为孩子们讲述了死国的传说，明日菜这才意识到瞬正是来自另一个世界雅戈泰的人。森崎真实身份隶属某个神秘组织，他和明日菜的心中都有想要复活的人，于是经过一波三折，他们随着瞬

故事以武藤游戏所在年代的数十年后的童实野市为舞台，这时的童实野市已经是一个根据身份的高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，被称为“新童实野市”。决斗的发展流行用“D轮（D Wheel）”之称的摩托车型决斗装置来进行“骑乘决斗（Riding Duel）”。 主人公不动游星是在新童实野市的下层地带“卫星（Satellite）”中与同伴们一起生活着。因为被劲敌这时的骑乘决斗的王者——杰克·阿特拉斯，偷走了自己最重要的卡“星尘龙（Stardust Dragon）”，游星为了把最重要的星尘龙夺回，逃出了卫星区。