2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア(松冈茉优 配音)却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失…。预告中字幕表明这是“太一他们最后的故事” ，结尾则注明：献给所有和数码宝贝一起成长的“孩子”们，还有亚古兽注视着长大成人的太一的背影，“太一，你长大了呢”。

故事以武藤游戏所在年代的数十年后的童实野市为舞台，这时的童实野市已经是一个根据身份的高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，被称为“新童实野市”。决斗的发展流行用“D轮（D Wheel）”之称的摩托车型决斗装置来进行“骑乘决斗（Riding Duel）”。 主人公不动游星是在新童实野市的下层地带“卫星（Satellite）”中与同伴们一起生活着。因为被劲敌这时的骑乘决斗的王者——杰克·阿特拉斯，偷走了自己最重要的卡“星尘龙（Stardust Dragon）”，游星为了把最重要的星尘龙夺回，逃出了卫星区。

长得像婴儿一样可爱的里包恩（西萩五十铃 配音），真实身份其实是令人闻风丧胆的意大利黑手党杀手。他奉彭格列的第九代老大的命令，来到日本寻找彭格列的第十代老大沢田纲吉（国分优香里 配音），并把他培养成合格的接班人。 沢田纲吉外号废柴纲，就读于并盛中学一年A班，全科成绩平均17.5分，跳马只能跳三层，单杠向上翻转也不会，无论做什么事都不行的废柴。里包恩行为搞怪过激，让一向邋遢不求上进的纲头疼不已。但是里包恩通过必死弹，竟然让并盛中学的偶像笹川京子（稲村优奈 配音）对一直默默无闻的纲产生了好感。纲慢慢开始接受里包