0088年6月6日，新吉恩军向地球空降先遣部队，经两个月时间的活动，于8月1日正式开始对地球进攻。8月29日，新吉恩占领达卡尔，并将大量旧公国军及提坦斯残党收编。此后一发不可收拾，10月31日，新吉恩实施卫星坠落战术，终于迫使联邦于11月24日同意将殖民卫星群SIDE3让给新吉恩，以此作为吉恩从地球撤兵的条件。然而，哈曼的文治武略无法令所有追随者认同。新吉恩旗下的年轻军官格雷米，在独自振兴吉恩信念驱使下于圣诞节反叛哈曼，率部从阿克西斯独立出来。在这一系列重大变动造成的复杂局面中，代表联邦而战的军事组织

故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。

阳光突然强烈，气温急剧升高，新宿陷入异常的热浪中。诡异的黑人姆卡拉出现，其巨大的破坏力竟为五人所不能敌，而且，他竟然拥有与辽的白色盔甲相同的黑色辉煌帝！五人欲以白色盔甲应对，但伸因仿佛感觉到了什么而犹豫，导致辽和征士被黑色盔甲带走。辽、征士的不知所踪，伸与秀、当麻打架而出走、迷失，一直以来同生死共患难的他们，遇到了前所未有的危机……在非洲原始部落神秘美丽的土地上，他们将第一次发现，被人类当做保护神数千年的的盔甲的真实面目；并以最纯洁高尚的心，粉碎了全部的盔甲。

　　在遥远的神话时代，人类私欲膨胀，相互残杀，人世间血雨腥风，哀鸿遍野。人类仇恨的力量创造了妖邪界及其魔王霸主阿罗醐，阿罗醐的出现是人类的命运更加黯淡无光。这时，身穿金色铠甲的勇士迦雄须出现，打败了阿罗醐，还世界以光明。然阿罗醐虽死，其聚集了邪念铠甲却还留存世间。为了抑制住邪恶的力量，迦雄须用“仁、义、礼、智、信、忠、孝、悌、忍”九种人类精神将其封印。 　　一千年倏忽而去，公元1988年，妖邪帝王之城阿罗醐城出现东京上空，黑暗再次降临。就在人类世界危在旦夕之时，五位身穿铠甲救世主挺身而出……