故事发生在遥远的月球之上，彼时，那里已经变成了适宜人类居住的星球。某日，来月球旅行的遥大地（松冈洋子 配音）邂逅了名为“兔人”的月球种族，他们告诉遥大地，他们位于月球内层的星球遭到了邪动族的侵略都和霸占，为此，他们踏上了寻找能够对抗邪动族的勇士的旅程。 　　让兔人们没有想到的是，遥大地竟然就是他们要找的光明魔动战士，通过魔法阵，遥大地召唤出了地之魔动王。之后，召唤出风之魔动王的山本加斯（松田辰也 配音），召唤出水之魔动王的玛利乌斯（安达忍 配音）等人纷纷登场，一行人来到了圣地路那，准备在那里展开一段

期盼已久的暑假终于到来，遥大地（松冈洋子 配音）内心充满喜悦，因为他将展开一段期盼已久的旅程。一年前，梅婆婆她们送大地返回地球时，拉比（安达忍 饰）曾偷偷送给大地一张太空梭机票，约定一年后可凭借此票来月球玩耍。大地满怀期望，如约前往，不过却在入关的时候遇到不小的麻烦。与此同时，正在月球等候朋友的拉比和咕哩咕哩（林原めぐみ 配音）突然遭到神秘敌人的袭击。对方正是邪动族之王卡诺布斯之子古伦瓦特，他带领手下前来完成消灭长耳族的阴谋。危急时刻，加斯（松田辰也 配音）和大地相继赶到，他们和拉比一起驾驶各自的魔动战士

小兔她们已经升上初三了，战士们为了考上高中，组织了一个读书会，一起到小丽家中温习。素来有灵力的小丽做了一个怪梦，梦见救世主出现，世界毁灭，令她很担心。新的敌人死亡变种开始利用心魔，四处找寻拥有“纯真之心”的人，而那颗纯真之心即是塔利斯曼，集齐三粒塔利斯曼，传说中拥有极强大力量的圣杯就会出现。

阳光突然强烈，气温急剧升高，新宿陷入异常的热浪中。诡异的黑人姆卡拉出现，其巨大的破坏力竟为五人所不能敌，而且，他竟然拥有与辽的白色盔甲相同的黑色辉煌帝！五人欲以白色盔甲应对，但伸因仿佛感觉到了什么而犹豫，导致辽和征士被黑色盔甲带走。辽、征士的不知所踪，伸与秀、当麻打架而出走、迷失，一直以来同生死共患难的他们，遇到了前所未有的危机……在非洲原始部落神秘美丽的土地上，他们将第一次发现，被人类当做保护神数千年的的盔甲的真实面目；并以最纯洁高尚的心，粉碎了全部的盔甲。

　　年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。 　　几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。