由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。 　　就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平

　　2095年10月31日。 　　未观测的战略级魔法，将朝鲜半岛南端的军事都市及舰队消灭了。 　　自从被称作《灼热的万圣节》的那一天开始， 　　世界因新的战略级魔法师登场而震撼。 　　其中拥有「世界最强的魔法部队」STARS的北美利坚合众国（USNA）感觉到日益强烈的危机感， 　　为了揭露未观测的战略级魔法以及使用这一魔法的魔法师的真面目，而积极地在暗中行动。 　　约两个月后的12月24日。 　　就在整座城市因圣诞节的饰品和灯饰而变得热闹非凡之际， 　　达也等人为了给准备前往美国交换留学的

魔法——这不是传说或童话的产物，而是发展至今将近一个世纪的现实技术。 今年春天，持有施展魔法能力的「魔法师」培育机构「国立魔法大学附属第一高中」，某位少女将入学就读。 容貌秀丽、完美无缺的优等生—— 她的名字叫「司波深雪」。 深雪梦想著和一同入学的哥哥——达也过著亲密的高中生活，但挡在她面前的是一科生与二科生， 优等生与劣等生的高墙…… 由爱慕哥哥之心更胜亲情的妹妹—— 深雪的视角所鲜活描绘的，另一个「魔法科高中」在此上演。

　　这个世界分为善和恶两个部分。恶魔塔罗牌掌控着属于恶的黑暗世界，而自然塔罗牌则身为抗衡黑暗的存在，一直制约着恶魔塔罗牌对于世界的吞噬。太阳灯里（门胁舞以 配音）是一个平凡的少女，幻想着能够成为和母亲一样的塔罗牌占卜师。一天夜里，灯里突然遭到了魔物的袭击，塔罗牌的力量将灯舞带进了一个魔幻的世界之中国，在那里，灯舞是手持长剑的剑士。 　　原来，这个世界上存在着拥有成为精灵塔罗牌的使用者的特殊能力的少女，而灯里就是其中一个。在灯里的力量觉醒之后，她被相关部门带往了一所专门保护和训练这样的少女的学校之中。