混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。 在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种

自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

　　由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。 　　就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平

　　拥有28万人口的三门市，其境内某天突然打开了一扇通往未知世界的大门。从大门的另一端，被称为“近界民”的怪物蜂拥而出。人类惊慌失措之余发现，地球现有的武器对近界民完全没有任何效果。危急时刻，神秘团体境界防卫组织“BORDER”出现击退近界民，三门市总算回归往昔的正常生活。如是过了四年半的时间，隐藏着作为“BORDER”成员身份的初中学生三云修（梶裕贵 配音）和转学生空闲游真（村中知 配音）相遇，而对方竟然是来自门另一头的近界民，此行的目的是为了找到自己的父亲。分出不同阵营的二人，注定要在命运的战争中激烈