趁布玛和龟仙人不注意，色色的乌龙（龙田直树 配音）偷出龙珠探测器，与悟饭（野泽雅子 配音）前往寒冷的兹鲁麦普雪山寻找聚在一起的龙珠。此时此刻，邪气逼人的克勤博士（矢田耕司 配音）早已捷足先登召唤神龙，许愿将沉睡在冰原下的威洛博士（中田浩二 配音）苏醒。伴随着巨大的响动，硕大神秘的建筑出现冰原，另有奇怪凶猛的生物接连袭击悟饭等人，关键时刻比克大魔王（古川登志夫 配音）出现拯救悟饭，而比克却下落不明。未过多久，威洛博士的爪牙相继向龟仙人袭来。原来五十年前他以天才科学家的盛名为世人熟知，但其才能却遭到埋没。

　　铁剑（高山南 配音）奉父之命潜心钻研剑道，在比赛场上遇见了一生的宿敌鬼丸猛（堀川亮 配音），几番较量之下，鬼丸猛成为了铁剑的手下败将，不甘心的他被风神附体，得到了绝世珍宝风神剑。这边厢，铁剑亦得到了同样拥有强大力量的雷神剑，鬼丸猛一心想要夺走雷神剑，实现自己双剑合璧统治地球的野心，然而却总是不敌铁剑。 　　在彻底粉碎了鬼丸猛的阴谋之后，铁剑和一干好友踏上了寻找龙珠的旅途，贼心不死的鬼丸猛自然要从中作梗，派出剑客，阻挠铁剑的队伍。最终，铁剑完成了目标，召唤出了神龙，哪知道神龙的出现使沉寂多年的香姬（深

《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。