在一次护送公司机密文件的途中，旭日重工的普通职员冈岛绿郎（浪川大辅 配音）遭到了名叫黑礁商会的神秘组织的袭击和绑架，机密文件亦被夺走。为了保证秘密不被泄露，旭日重工采取了消抹行动——包括文件和冈岛绿郎本人。在得知了自己被公司抛弃的消息之后，冈岛决定用自己的方式为自己谋得一条生路。冈岛向黑礁商会提出了入会的要求，并通过实际行动证明了自己的能力，之后以“洛克”之名开始全新的生活。 　　精明冷静的首领达奇（礒部勉 配音），个性刚强的双抢手薇拉（丰口惠美 配音），开朗淡泊的机械师本尼（平田广明 配音），在这

《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。

黑礁将以OVA形式推出第三季，剧情主要以Lovelace家族的女佣、前任哥伦比亚革命军的恐怖份子“弗罗伦西亚的猎犬”-罗贝尔特为主线，收养她的Lovelace家族主人在一起由NSA策划的爆炸中死亡，罗贝尔特为了展开复仇再次走上了血路。