草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。 　　巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带

在不夜城新宿，人们早已忘记存在于身边的妖怪，大家都过著浮华糜烂的生活。 这两个互相重叠的世界，自古由“百合音”与“鸦”两者负责维持秩序；但是，这种平衡关系已开始出现倾斜，理应舍弃一切的自我，注定成为街头仆人的“鸦”，却突然自称为“廻向”，并开始对人类展开复仇行动。 为了阻止杀人案继续发生，新的“鸦”诞生了，青年乙羽被选作新的守护者，新仇旧恨在新宿街头开始蔓延。