故事开端为第一季故事的七年之后。 　　高达模型对战的规则被革新，亦令其对战更受欢迎。 　　虽然伊织诚和岭司得到第7回敢达模型对战世界大赛的冠军，也令学校圣凤学园沾光不少。不过，其“高达模型对战部”就只剩下部长—国中部3年级学生·星野文奈一人。 　　在新比赛规则底下，如果要参加比赛必须以3人1组的参与战斗。而圣凤学园高达模型对战部郤因为人数不足的情况下难以出场。 　　在偶然的之间，出现了一名转校生，就是跟随师傅修行多年次元霸王流拳法的神木世界。之后，被称为天才高达模型创制家的高坂祐马也加入。