故事发生在私立朱雀高校之中，山田龙（逢坂良太 配音）是校园中有名的不良少年，同学老师们看见他恨不得绕着道走，而山田龙本人亦对无聊束缚的校园生活深恶痛绝。某日，一场意外竟然让他和优等生白石丽（早见沙织 配音）互换了身体，因而得知了白石丽隐藏在内心里的秘密，并在同级生宫村虎之介（增田俊树 配音）的唆使之下加入了超自然研究部。 　　同为部员的还有对超自然事件超级着迷的伊藤雅（内田真礼 配音）和不良少年椿剑太郎（佐佐木寿治 配音）。几人受腹黑的学生会会长山崎春马（福山润 配音）之命调查校园中存在魔女的事件，

　　故事的舞台设定在未来的日本，为了解决少子化的问题，政府禁止了自由恋爱，改为由政府全面接管的状态。每一个青少年长到16岁，便会由政府分配一名伴侣作为恋爱的对象，这是经过了精密的计算所匹配出的最佳人选。根岛由佳吏（逢坂良太 配音）是一名十五岁的少年，无论是性格还是样貌都非常普通的他内心隐藏了一个秘密，那就是他从小学期就默默的喜欢着名叫高崎美咲（花泽香菜 配音）的少女，然而，这份爱恋在这个扭曲的社会里却是违法的。 　　真田莉莉奈（牧野由衣 配音）是政府分配给根岛由佳吏的完美女友，然而，当她得知了根岛和美咲

　　故事开端为第一季故事的七年之后。 　　高达模型对战的规则被革新，亦令其对战更受欢迎。 　　虽然伊织诚和岭司得到第7回敢达模型对战世界大赛的冠军，也令学校圣凤学园沾光不少。不过，其“高达模型对战部”就只剩下部长—国中部3年级学生·星野文奈一人。 　　在新比赛规则底下，如果要参加比赛必须以3人1组的参与战斗。而圣凤学园高达模型对战部郤因为人数不足的情况下难以出场。 　　在偶然的之间，出现了一名转校生，就是跟随师傅修行多年次元霸王流拳法的神木世界。之后，被称为天才高达模型创制家的高坂祐马也加入。

音无结弦（神谷浩史 配音）死后来到了死后的世界。醒来后发现在一座学校里，一名叫仲村由里（樱井浩美 配音）的女孩让他加入“无法容忍死掉战线”组织，简称SSS。他们的任务就是要和敌人——神的代表学生会长天使立华奏（花泽香菜 配音）作战。由里是这条战线的领袖，只要反抗天使就能继续存在，消灭天使就能获得世界。还没恢复记忆的音无只好答应加入她们的组织，但是他发现天使刀枪不入，他们都是不会受伤和死亡的。所谓敌人和战斗都是针对天使立华奏一个人的。音无还没恢复记忆，他不清楚这样的行为是不是正当的。真相慢慢被揭穿，年轻的生

　　宿海仁太（入野自由 配音）、本间芽衣子（茅野爱衣 配音）、安城鸣子（户松遥 配音） 久川铁道（近藤孝行 配音）、松雪集（樱井孝宏 配音）、鹤见知利子（早见沙织 配音）6个人曾是童年最要好的玩伴，他们彼此亲密无间，以各自的绰号相称。6个小家伙甚至建立了一个秘密基地，并给他们这个小团体命名为“超平和Busters”。然而，一场意外让孩子们的心中互生芥蒂，随着年龄的增长，他们渐行渐远，走上不同的人生旅途，彼此失掉了联系。某天，“面码”芽衣子突然出现在仁太的面前，仁太惊讶的发现芽衣子的容貌和性格几乎从未被时光

转学到远处高中的金泽伸明，由于在之前的学校经历过的某件事，而对于与同班同学亲密相处感到恐惧，封锁了自己的内心，但他以体育祭上的班级对抗接力赛为契机，开始和同学们变得融洽起来。此时，同班同学全员的手机收