1998年7月，饮酒会归来的下雨之夜，黑桐干也收留了一位无家可归的少女。但不久，少女不辞而别，去向不明。 　　与此同时，发生了连续杀人事件。死者无一例外，都是由于身体被强大的力量过渡扭曲而死。伽蓝堂开始为此展开调查。 　　一步步深入的调查，犯罪者居然是当时不辞而别的少女浅上藤乃，而她的能力更是惊人的强大。两仪式，拥有“直死之眼”的少女，再次提起匕首迎战。 　　日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第三章电影版。

TV动画《空之境界》是剧场版《空之境界》的再构成版本，将剧场版《空之境界》全7章中，以两仪式和黑桐干也为中心的故事提炼出来，将原本倒叙、插叙的章节调整为正叙后，用TV动画的形式播出。 “正叙”的意思，就是说虽然剧场版第1章是《俯瞰风景》，但是TV版第1话是发生时间最早的《伽藍之洞》（第4章）。另外，因为TV版是以式和干也为中心，所以从目前公开的全13话标题来看，没有《矛盾螺旋》和《忘却録音》2章。