在遥远的未来，地球被超自然生物控制，只留下小的文明。舞台为边境的小镇，一个年轻漂亮的女人多丽斯，被贵族李伯爵吸血，由于担心她的生命将被控制，多丽斯雇用了一个人“D”。一个有着黑暗的过去的吸血鬼猎人，追捕和消灭了李伯爵，拯救了多丽斯的生命的永恒的诅咒。

　　目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。 　　十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑

小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！

　　柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。 　　柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间

　　知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会，柯南只得电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府，已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上，森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师，讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。柯南在规定时间内将他出给众宾客的难题破解，被获准和小兰一起参观陈有他设计图的展览馆，交谈中，他感慨30多岁初成名时的作品不够对称称不上完美，并从小兰口中打探到她要与新一在米花大楼约会为新一庆生的诸多细节。 　　不久，柯南连接数通向新一挑战的电话，对方均告知他已在某地放置

　　上杉达也（三矢雄二 配音）和上杉和也（难波圭一 配音）是一对孪生兄弟，与住在隔壁的浅仓南（日高法子 配音）从小一起长大。三人都进入了明青学园就读。虽为双胞胎，但达也和和也的性格全然相反。和也是学校女生的偶像，棒球队的王牌；而达也则懒散，对什么都满不在乎。学校里，和也和小南是公认的完美的一对。达也也觉得二人的般配，只在心里默默的喜欢着小南。但小南则似乎总是有意无意的接近关心着达也。 　　和也率领着棒球队打到了进入甲子园的关键一战，在决赛的前晚，和也表达了对小南的爱意，但小南并未回应。第二天早晨，一切亦