本片改编自TYPE-MOON出品的文字冒险类游戏《Fate/stay night》，是该游戏的Heaven's Feel路线，简称“HF”或“樱线”，是该系列作品动画剧场版全三部作品中的最终章。 　　在剧场版作品第二章黑化之后的樱吸收了众多Servant的灵魂后，被世间 所有的恶控制，成为黑色圣杯的化身。 　　最终，得知一切的士郎放弃了成为正义的伙伴，选择了保护樱...

故事舞台发生于大家所熟悉的日本北海道“瓦古娜利亚”的家庭餐馆。在“瓦古娜利亚”里工作的，全是极具个性及形象的人员，包括迷你控的小鸟游宗太、人家一点也不小的种岛白杨、恐惧男性却又殴打男性的伊波真昼、以及常携带日本刀上班的轰八千代等，每天看著他们的互动真的使人十分开心。

　　高中生四月一日君寻（福山润 配音）有着令他十分困扰的灵异体质，他总是能在不知不觉的情况下吸引大量的灵体。一日，偶然中他踏进了一间魔法商店，遇见了美丽神秘的店主壹原郁子（大原沙耶香 配音）。郁子告诉他这是一件帮人达成愿望的商店，四月一日君寻遂许下了希望能解除特异体质的愿望，可是这愿望售价昂贵，四月一日君寻不得不在店里打工来付清欠款。此间，他结实了沉默寡言的白目鬼静（中井和哉 配音）、厄运缠身的九轩葵（伊藤静 配音），以及一只造型怪异的名叫魔可拿的宠物。 　　在打工的过程中，四月一日君寻接触了一系列与愿