在“TokyoExplosion”的未知灾难背后，有一名暗中活跃的契约者——代号“黑”，被称为黑色死神的男人。制造了与“组织”敌对的事件，黑和他的同伴，身为DOLL的银一起踏上了逃亡之路。他们一边击退组织派来的刺客，一边向南方前进。在漫无尽头孤独的逃亡旅程中，两人可以信赖依靠的，只剩下彼此而已…… 　　夏日的阳光下，黑和银寻得了片刻的休憩。但是，幸福的时间并未长久，深重冷酷的黑暗已悄悄迫近。本是失去自我的DOLL的银在与黑共处的日子里，渐渐开始表现出自己独立的意志。对银的变化感到困惑焦躁的黑，却并不

公元2062年，此时大规模劳力自动化计划业已失败。20年过去，地球只剩下一片废墟。一切都是因为计划核心使用的人工智能“阿尔特弥斯”选择对人类宣战的结果。 在一处地下研究基地之中，有个名叫“皇后”的女孩苏醒过来。她其实是存活下来的三大人类守护者之一，但她却对过去的事毫无记忆。 和平构建军的上校告诉她，她必须抢在阿尔特弥斯为连接月球和地球而建造的轨道电梯完工之前将其摧毁，否则若工程完成，月球上大量生产的巨型机械军就会挥师进攻地球。然而，多方人马相继出手阻挠皇后的行动：阿尔特弥斯的无人军队、斯迈利领导的邪教

　　拥有28万人口的三门市，其境内某天突然打开了一扇通往未知世界的大门。从大门的另一端，被称为“近界民”的怪物蜂拥而出。人类惊慌失措之余发现，地球现有的武器对近界民完全没有任何效果。危急时刻，神秘团体境界防卫组织“BORDER”出现击退近界民，三门市总算回归往昔的正常生活。如是过了四年半的时间，隐藏着作为“BORDER”成员身份的初中学生三云修（梶裕贵 配音）和转学生空闲游真（村中知 配音）相遇，而对方竟然是来自门另一头的近界民，此行的目的是为了找到自己的父亲。分出不同阵营的二人，注定要在命运的战争中激烈