———— 身長差15メートルの恋 　　未知の生命体・ガウナに地球を破壊され、かろうじて生き残った人類は 　　巨大な宇宙船「シドニア」で旅を続けていたが、100年ぶりにガウナが現れた。 　　再び 滅亡の危機に襲われた人類だったが、人とガウナから生み出された白羽衣つむぎや 　　人型戦闘兵器・衛人 （ルビ：モリト） のエースパイロットである谷風長道の活躍により、ガウナをいったん撃退。なんとか勝利をおさめたのだった。 　　あれから10年－。 　　シドニアの人々は、つかの間の平和を楽しんでいた。

在《Fate/Zero》中，与征服王伊斯坎达尔一同跨越了第四次圣杯战争的少年，韦伯·维尔维特。时光流转，少年继承了君主·埃尔梅罗的称号，以君主·埃尔梅罗Ⅱ世的身份，在魔术师们的总部·时钟塔面临了各种充满神秘的事件——