二十世纪最后的夏天。那一天，人类终于知道自己并非地球这颗行星唯一的统治者。 　　巨型生物「怪兽」，以及驱逐怪兽的终极存在「哥斯拉」出现了。经历与怪兽之间长达半个世纪的战争，人类屡战屡败，最终计划逃出地球。2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，一部分人类乘坐跨恒星移民飞船「阿拉特拉姆」号踏上了前往11.9光年之外的「鲸鱼座τ星e」的旅程。然而，人类花费20年所抵达的星球与地球之间的环境差距远超预期，不适宜人类生存。 　　移民飞船上有一名青年——晴雄。4岁的时候，他亲眼目睹父母被哥斯拉杀害。20

　　住在天空与海洋辉映的城镇“藤泽”的梓川咲太，就读高中二年级。 　　他与既是学姐又是恋人的樱岛麻衣所度过的令人雀跃的日常，随着初恋对象牧之原翔子的出现而改变。 　　不知为何，存在着“中学生”和“大人”两个翔子。 　　出于无奈开始和翔子住在一起的咲太，受到“大人翔子”的捉弄，和麻衣的关系也变得尴尬。 　　此时，“中学生翔子”身患重病的事实被发现，咲太的伤痕开始隐隐作痛——。