荒城幸也，大概14岁。平常一个人在做DJ。因为受到父母的影响，从小开始就一直在听House Music……也经常上传音乐视频。想要向某人传达些什么。想要受到认同，想要成为必要之人。但很害怕受伤。有什么地方不和谐的日常……某天，为了增加点击数而做的事情，却成了无法挽回的事态。来自“那个世界”的直播。以此为契机，我被人给盯上，被卷入了人们的愿望和心意的漩涡当中。独自一人束手无策的状况……但是，只要有谁和我一起的话——。

　　故事发生在一个虚拟的奇幻世界之中。在这里，相对应的两人将手牵在一起，所产生的心灵连结“宁录”能够成为拥有着强大力量的武器。在传说中，这个世界上存在着掌控着一切的神，只要将神打败，就能够实现内心最强烈的愿望。长久以来，握手者们都将打败神作为目标，不断地战斗着，而一切因果的汇聚点就在大阪。 　　高槻手纲（齐藤壮马 配音）是对机械十分着迷的男子高中生，一次偶然中，他在研究室里邂逅了昏睡中的少女芥川小代理（诸星堇 配音）。手纲牵住了小代理的手，想不到小代理竟然从昏睡中醒来，两人成为了搭档。

《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。