2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和

　　某年的圣诞夜，大批民众聚集到某栋大厦门外，抗议国家与库赞共和国的纯净水合作计划。与此同时，交通网络以及相关电子系统遭到入侵而全面失灵，随后更有维持治安的警察掏枪射击抗议民众。值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙