这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚 　　过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭 　　但人，神，魔三族共同战斗 　　作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来 　　接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半 　　二千年以后，世界始终和平安宁 　　不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它 　　某一天 　　一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙 　　世界的均衡渐渐被打破 　　当巴哈姆特再次发出吼声之时 　　世界再次落入绝望的深渊 　

　　这里是，“人”“神”“魔”各种族混杂的神秘世界密斯塔尔希亚。 　　世界免于巴哈姆特复活引发的崩坏，在那之后过了10年—— 　　新的“人”之王袭击“神”之神殿，攻陷“魔”之国度。 　　从濒临毁灭的状况得到复兴以及更进一步的发展，王都为“人”带来了财富。 　　作为王都复兴的食粮而沦为奴隶的“魔”，以及随着信仰心的消失而失去力量的“神”。 　　在逐渐失去均衡的世界中，“人”“神”“魔”各自的正义相互交错……

公元2030年，经历了4次世界大战的世界面临更严峻的挑战。随着人类义体化等科技的不断发展，犯罪行为也日渐离奇复杂。为了解决这类案件，日本内务省的直属部队——公安9课，这个对外不存在的特种部队，在队长草薙素子的带领下向恶势力 发起制裁。而面对公安9课的，是高度发达的科技下创造的案件、权力政治斗争的阴谋、与以笑脸男为代表的Stand Alone Complex犯罪。

如月甜心，是就读于圣查贝尔学园的女高中生，但她的真实身份却是天才科学家·如月博士所制造的美少女机器人，爱的战士Cutie Honey。 甜心为了抓捕神秘的秘密结社豹爪，而和对豹爪搜查官一同展开行动。 但豹爪的干部西斯塔吉尔却使用了化名潜入。 甜心不知她是敌人，一直单纯地相信着西斯塔吉尔…