公元2030年，经历了4次世界大战的世界面临更严峻的挑战。随着人类义体化等科技的不断发展，犯罪行为也日渐离奇复杂。为了解决这类案件，日本内务省的直属部队——公安9课，这个对外不存在的特种部队，在队长草薙素子的带领下向恶势力 发起制裁。而面对公安9课的，是高度发达的科技下创造的案件、权力政治斗争的阴谋、与以笑脸男为代表的Stand Alone Complex犯罪。

故事发生在笑脸男事件结束后，公安9课面对了新的敌人，自称“个人的11人”的反政府武装组织开始了计划周密的犯罪，其背后牵扯的战争难民问题更令整个社会的矛盾激化。面对政府与犯罪分子带来的压力，草薙素子再次带领公安9课出动。

　　这是一个人类内心活动均能够数值化的科技时代，同样能被量化的，还有每个人的“犯罪系数”，而原先的调查和侦破都被犯罪系数的检测所替代。维持治安逮捕罪犯的职责，当然落在了警察们的头上，但同时，这些惩奸除恶的执行官们，本身就是拥有着高犯罪系数的危险人物，因此，另一批专门监视他们的“监视官”应运而生。 　　作为一名执行官，狡噛慎也（关智一 配音）有着极强的业务能力，在同其监视官常守朱（花泽香菜 配音），同事征陆智己（有本钦隆 配音）、縢秀星（石田彰 配音）、六合冢弥生（伊藤静 配音）的合作下，制服了一个又一个