故事发生在私立高藤学园的校园中，这一年，童年好友大岛祐树（中村悠一 配音）和住吉千里（中村绘里子 配音）共同升上了二年级。作为在校学生，课后的社团活动是校园生活必不可少的一部分，祐树和千里伙同同学木场冬美（水桥香织 配音）一同组织了“食品研究部”。说是研究部，其实不过就 是大家在一起分享美味的零食，但这简单的活动带给了女孩子们无比美好的课后时光。 　　不幸的是，研究部最大的敌人东云皐月（浅川悠 配音）发出了“解散没有实际成绩的社团”的宣言，而他本人很可能即将当选学生自治会的会长。为了保护心爱的社团，

在被黑手党支配的街道艾尔盖斯托姆，经营着“便利屋”的沃里克和尼古拉斯，作为哪个组织也不属于的中立的存在接受着从便利杀人到护卫保镖等各种各样的委托，即使是警察和黑手党也对这2人刮目相看。有一天，他们在接受警察委托时，与1名妓女相遇。 在这条封闭的街道上，生存着正常人与具有超能力的“黄昏人种”。 持续连接的，过去与现在。重合的，使命与命运。 ——在2人与1人相遇时，街道的混沌开始加速。

　　以主人公安久为轴，描写战斗少女们的群像剧。故事讲述了掌握了高端情报技术“玛娜”的人类，借助它的力量克服了地球上的战争、饥饿、污染等问题，终于迎来了和平的理想乡。然而，作为皇国第一皇女的安久丽莎，却因无法使用这等魔法之力而沦为士兵，并被派遣到偏僻的岛屿上，同其他少女们操纵变形人型兵器“帕拉美露”，共同对抗入侵而至的巨大攻击型生物——龙。于是，少女的不屈物语就此开始了……

　　蜂之妖怪远去，不死鸟的妖怪则是逃过一劫的暑假结束了—— 　　迎接新学期的阿良良木历和少女们，怪异，甚至是比这还可怕的威胁悄然地接近他们。 　　羽川翼、八九寺真宵、神原骏河、千石抚子、忍野忍，以及战场原黑仪。 　　她们的独白以及告白——还有告别。 　　6个新“故事”，现在揭开序幕了。 　　《物语系列 2nd season》是改编自西尾维新原作的轻小说《物语系列》的电视动画，内容包括《物语系列》中的《猫物语（白）》、《倾物语》、《囮物语》、《鬼物语》和《恋物语》等五部作品。

这是一个关于你自身的故事。你体内的故事——。人的细胞数量，约为37兆2千亿个。细胞们在名为身体的世界中，今天也精神满满、无休无眠地在工作着。运送着氧气的红细胞，与细菌战斗的白细胞……！这里，有着细胞们