分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会。 　　哥哥爱德华穿过“门”来到真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战即将到来。无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。 　　而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。 　　兄弟二人的命运

　　高中生四月一日君寻（福山润 配音），有着异于常人的体质，他可以看到并且吸引各种鬼怪。他身边的好友百目鬼（中井和哉 配音）和小葵（伊藤静 配音）都是特殊能力者，百目鬼有着驱除妖魔的能力，而小葵则有招来厄运的体质。在命运的牵引下，四月一日闯进了壹原侑子（大原沙耶香 配音）的店里，这是一家可以帮人实现任何愿望的店，但是委托人必须付出对等代价。于是四月一日委托侑子帮他远离鬼怪，作为代价，他留在店里打工。随后，他又结识了一个少女灵能力者，五月七日小羽。 　　因为长期留在店里打工，四月一日穿越在次元间，接触到各