深夜三时正，睡梦中的小朋友被一阵笛声吸引，起来走到屋外，边唱著"三时之妖精"，边循笛声来到飞船上，待船上载满小朋友后，吹笛的妖精便把飞船驶向天上。 一日，内部战士们聚集在真琴家中，学弄曲奇饼。三时了，真琴家中的报时钟响起，一只小鸟弹出叫了三下，真琴於是对众人说起三时之妖精的故事。 豆钉兔拿著她弄的曲奇走到街上，遇到一位美少年。二人谈得很投契，互相自我介绍，那位美少年名叫贝鲁鲁(Peruru)。阿兔也拿著她弄的曲奇去找阿卫，她见到阿卫穿著一件她没见过的

　　某日，一块神奇的结晶体现身地球，被科学家宇宙翔拾得。与此同时，露娜和亚特密斯大吵了一架之后离家出走，却因病体力不支昏倒在了路上，宇宙翔将虚弱的露娜带回了家，精心照料，露娜渐渐恢复了活力。 　　让大家没有想到的是，那块神秘结晶体的本尊，竟然是想要侵略地球的月亮雪公主，现出真身之后，月亮雪公主即刻召集了爪牙，展开了破坏行动。为了对抗邪恶的月亮雪公主，水手服战士们全体出动，然而月亮雪公主用自己的力量使得气温急速下降，整个地球很快就被笼罩在一片冰天雪地之中，情况十分危急。面对如此强大的敌人，水手服战士们能否

魔界树篇 很久以前有一个星球，只有海洋以及一棵魔界树，孤独的魔界树渴望有倾诉的对象，于是诞下了魔界树人。起初，魔界树人对魔界树相当敬重，而魔界树亦善待魔界树人，双方相处得很融洽。但是随着魔界树人智慧的增长，他们为了争夺魔界树的能量而展开斗争，最终因为战斗而毁灭了自己的星球。最后生还的魔界树人与魔界树一同走遍整个宇宙，却找不到能够扎根的星球。魔界树人不断减少，最后只剩下两人－艾尔以及安。随着魔界树日渐在枯萎，艾尔和安从卡片中召唤怪物四处收集能量。前作故事结束了两个月后，美少女战士们仿佛忘却了那段记忆，以及

小兔她们已经升上初三了，战士们为了考上高中，组织了一个读书会，一起到小丽家中温习。素来有灵力的小丽做了一个怪梦，梦见救世主出现，世界毁灭，令她很担心。新的敌人死亡变种开始利用心魔，四处找寻拥有“纯真之心”的人，而那颗纯真之心即是塔利斯曼，集齐三粒塔利斯曼，传说中拥有极强大力量的圣杯就会出现。