分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会。 　　哥哥爱德华穿过“门”来到真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战即将到来。无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。 　　而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。 　　兄弟二人的命运

　　因为父母被调往了海外就职，不想跟着出去的相泽佑一（杉田智和 配音）寄宿到了阿姨水濑秋子和她女儿名雪家里。时隔七年，再次来到这个北国小镇的佑一本应有记忆点，可是真实的情况确是毫无记忆。在这个小镇，他邂逅了各色少女。有总是元气满满、迷糊的月宫亚由（堀江由衣 配音）；有擅长料理喜爱猫咪的名雪（国府田麻理子 配音）；有丧失掉记忆，总是对佑一纠缠不休的泽渡真琴（饭冢雅弓 配音）；还有佑一身体不好安静的学妹美坂栞（佐藤朱 配音）等。佑一和她们在北国小镇度过了欢乐的冬天，并且一点点拾回失去的记忆。而这失去的记忆里，