工业文明的高度发展，却最终带来灾难，一场为期7天的虫族毁灭战争摧毁了人类文明。一千年后，工业文明遗留下来的症结仍在困扰这个星球。带有强烈毒性的植物组成了令人望而却步的“腐海”森林，随着时间的推移，腐海有条不紊地向四周蔓延，蚕食周边世界。在一片腐海森林的旁边，居住着一群御风而行的人类。女主角娜乌茜卡和族人依靠海风的力量抵御着有毒孢子的侵蚀，过着平静祥和的生活。 　　直到某一天，战火烧到了这里。西方强国特洛梅意欲重新建立人类霸权，他们计划统一周边诸国，然后向虫族发起总攻。另一方面，一千年前曾主导摧毁人类

前作的恐龙帝国在巴武藏壮烈的特攻下终于土崩瓦解，但一个新的邪恶势力——百鬼帝国却出现在了地面上，它们是拥有超高科技的神秘有角人种，在布莱大帝的统帅下开始了其征服世界的野心计划；同时，刚刚从恐龙帝国毁灭性的打击中重建恢复的新早乙女研究所也研制出了新的盖塔机器人G；就在大家为三号机波赛冬的驾驶员人选犯愁时，浅间学园一个名叫车弁庆的棒球手进入了众人的视野……。

早乙女研究所研发了宇宙开发用机器人—盖塔机器人。同时，过去在太古时期称霸地面的爬虫人类为了夺回地上的世界开始了侵略行动。然而盖塔机器人的动力来源，不明的宇宙放射线—盖塔线正是过去将爬虫人类从地面驱赶至地底的元凶。为了阻止盖塔线的开发，恐龙帝国的帝王哥鲁向早乙女研究所发起攻击。在首战中早乙女研究所就失去了盖塔机器人的原型机及驾驶员，早乙女研究所陷入空前危机。幸有三名来自浅间学园的高中生流龙马、神隼人、巴武藏的协助。盖塔机器人临时被改装成战斗用机器人果敢地迎向恐龙帝国的魔掌。